İpek Üniversitesi, 23 Temmuz 2016 tarihinde Olağanüstü Hal (OHAL) Kapsamında Alınan Tedbirlere İlişkin Kanun Hükmünde Kararname ile kapatıldı. Bu karar, üniversitenin "milli güvenliğe tehdit oluşturduğu tespit edilen Fethullahçı Terör Örgütüne (FETÖ/PDY) aidiyeti, iltisakı veya irtibatı" nedeniyle alındı.