İnsuyu Mağarası'nda su bulunmasının nedeni, mağaranın yatay olarak uzanması ve hidrolojik olarak kaynak özelliği taşımasıdır 3. Mağaranın suları, aynı fay üzerinde ve kuzeyde bulunan Kızılin Mağarası'ndan gelmektedir 3.

Ancak, son 20 yılda başta iklim değişikliği ve insan kaynaklı aşırı su kullanımı olmak üzere çeşitli nedenlerle mağaradaki sular hızla çekilmiştir 145. 2014 yılında mağaradaki büyük göl tamamen kurumuş ve günümüzde göllerin tamamında su bulunmamaktadır 145. Mağaranın yalnızca yağmur sonrası sarkıtlardan damlayan suları kalmıştır 145.