Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi'nde bulunan bazı bölümler şunlardır: Lisans Bölümleri: Tıp Fakültesi; Eczacılık Fakültesi; Eğitim Fakültesi (İlköğretim Matematik Öğretmenliği, İngilizce Mütercim ve Tercümanlık, Sınıf Öğretmenliği gibi bölümler); Fen-Edebiyat Fakültesi (Coğrafya, Tarih, Türk Dili ve Edebiyatı, Moleküler Biyoloji ve Genetik gibi bölümler); İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi (İşletme, Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi); İslami İlimler Fakültesi; Spor Bilimleri Fakültesi (Beden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği, Spor Yöneticiliği); Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi (Bilgisayar Mühendisliği, Mimarlık). Önlisans Bölümleri: Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu (İlk ve Acil Yardım, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri); Doğubayazıt Ahmed-İ Hani Meslek Yüksekokulu (İlk ve Acil Yardım).