Fırat Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Eğitim Fakültesi'ne bağlı değildir. Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Fırat Üniversitesi'nin Enstitüler bölümünde yer almakta olup, doğrudan üniversiteye bağlıdır. Eğitim Fakültesi, Fırat Üniversitesi'nin bir fakültesi olup, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi, Eğitim Bilimleri, Güzel Sanatlar Eğitimi, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi, Sosyal Bilimler ve Türkçe Eğitimi, Temel Eğitim ve Yabancı Diller Eğitimi gibi bölümleri içermektedir. Eğitim Bilimleri Enstitüsü ise, Eğitim Bilimleri, Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi, Temel Eğitim, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi gibi ana bilim dallarına bağlı yüksek lisans ve doktora programları sunmaktadır.