Feridun M. Emecen'in bazı eserleri şunlardır: "Unutulmuş Bir Cemaat: Manisa Yahudileri" (1997); "Bulancak-Piraziz. Doğu Karadeniz’de İki Kıyı Kasabasının Tarihi" (2005); "Osmanlı Klasik Çağında Savaş" (2010); "Yavuz Sultan Selim" (2010); "İmparatorluk Çağının Osmanlı Sultanları: Bayezid II-Yavuz-Kanuni" (2011); "Osmanlı Klasik Çağında Hanedan, Devlet ve Toplum" (2011); "İlk Osmanlılar ve Batı Anadolu Beylikler Dünyası" (2012); "Fetih ve Kıyamet 1453" (2012); "Osmanlı İmparatorluğu’nun Kuruluş ve Yükseliş Tarihi (1300-1600)" (2015); "Kanuni Sultan Süleyman ve Zamanı" (2022).