Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Araştırma Konuları: Fen Bilimleri Enstitüsü, doğa olayları, fizik, kimya, biyoloji gibi sayısal ve teknik alanlardaki bilimsel araştırmalara odaklanırken; Sosyal Bilimler Enstitüsü, insan davranışları, toplum yapıları ve sosyal etkileşimler gibi konuları inceler. 2. Metodoloji: Fen Bilimleri, deneysel ve gözlemsel yöntemler kullanarak nicel verileri toplar ve analiz ederken; Sosyal Bilimler, hem niteliksel hem de nicel araştırma yöntemlerini bir arada kullanır. 3. Eğitim Programları: Fen Bilimleri Enstitüsü, matematik, mühendislik gibi alanlarda lisansüstü eğitimler sunarken; Sosyal Bilimler Enstitüsü, sosyoloji, psikoloji, antropoloji gibi sosyal bilim dallarında eğitim verir.