Fen Bilimleri Enstitüsünde bulunan bazı bölümler şunlardır: Bilgisayar Mühendisliği; Biyomühendislik; Biyoteknoloji; Elektrik-Elektronik Mühendisliği; Kimya Mühendisliği; Moleküler Biyoloji; Mühendislik Yönetimi; Siber Güvenlik; Yapay Zeka Mühendisliği. Ayrıca, Yazılım Mühendisliği, Matematik Mühendisliği, Çevre Mühendisliği, Gıda Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Jeofizik Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Fizik gibi alanlarda da yüksek lisans ve doktora programları bulunmaktadır. Fen Bilimleri Enstitüsünde bulunan bölümler, üniversiteye göre değişiklik gösterebilir.