İstanbul Esenyurt Üniversitesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Fakülteler: - Sanat ve Sosyal Bilimler Fakültesi; - İşletme ve Yönetim Bilimleri Fakültesi; - Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi; - Sağlık Bilimleri Fakültesi. Yüksekokullar: - Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu; - Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu. Meslek Yüksekokulları: - Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu; - Meslek Yüksekokulu.