Engin Alan, iki farklı suçtan dolayı hapse girmiştir: 1. Balyoz Darbe Planı Davası: 11 Şubat 2011 tarihinde bu davadan "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini, şiddet ve cebir kullanarak ortadan kaldırmaya teşebbüs" suçundan tutuklanarak cezaevine konulmuştur. 2. 28 Şubat Süreci Soruşturması: 1 Haziran 2012 tarihinde Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından bu soruşturmadan da tutuklanmıştır. Engin Alan, her iki davada da suçlu bulunarak mahkum edilmiştir.