Emiray çizgi filminin konusu, gizemli bir kitabın koruyucusu olan Emiray'ın, kitabı korurken bir taraftan da kitabın verdiği görevleri yerine getirmesidir. Kimi zaman geçmişe, kimi zaman kendi zamanına yolculuk yapabilen Emiray, bu yolculukları sırasında devlerle ve kötülüklerle mücadele eder. İlk sezonda, ailesinin taşınma işleri nedeniyle Konya'ya amcasının yanına gelir ve orada bulduğu bir kitap ile geçmiş bir zamana giderek fantastik bir serüvene başlar.