Ege Üniversitesi'nde 15 fakülte bulunmaktadır. Bu fakülteler şunlardır: Birgivi İslami İlimler Fakültesi; Çeşme Turizm Fakültesi; Diş Hekimliği Fakültesi; Eczacılık Fakültesi; Edebiyat Fakültesi; Eğitim Fakültesi; Fen Fakültesi; Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi; Hemşirelik Fakültesi; İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi; İletişim Fakültesi; Mühendislik Fakültesi; Ödemiş Sağlık Bilimleri Fakültesi; Sağlık Bilimleri Fakültesi; Spor Bilimleri Fakültesi. Ayrıca, Ege Üniversitesi'nde 9 enstitü, 6 yüksekokul, 10 meslek yüksekokulu ve 36 araştırma ve uygulama merkezi de bulunmaktadır.