EBA'da kimlik doğrulaması yapmak için aşağıdaki yöntemler kullanılabilir: TC Kimlik No ve şifre ile giriş. Bunun için: EBA giriş sayfasına gidilir. "Veli Girişi" seçilir. İlgili alanlara TC Kimlik No ve şifre yazılır. Giriş butonuna tıklanır. e-Devlet üzerinden giriş. Bunun için: e-Devlet şifresi veya mobil imza gibi kimlik doğrulama yöntemleri kullanılır. e-Devlet ana sayfasındaki "EBA Veli Bilgilendirme Sistemi" bağlantısı tıklanır. Kimlik doğrulama sağlandıktan sonra, doğrudan EBA sistemine erişim sağlanır. EBA kodu ile giriş. Ayrıca, EBA şifresini unutan kullanıcılar, "eba.gov.tr" adresine girip "Şifremi Unuttum" bağlantısına tıklayarak, üye olurken girmiş oldukları cep telefonu numarası veya e-posta adresine gönderilen doğrulama mesajıyla yeni şifre oluşturabilirler.