Doğa Koleji'nin batışının temel nedeni, eğitimden kazandığı parayı başka sektörlerde yatırıma çevirip finansal krize girmesi olarak belirtilmiştir. Ayrıca, velilerden toplanan erken ödeme ücretlerinin metal, yapı ve inşaat sektörüne yatırılması ve bu sektörlerde yaşanan sorunlar da kolejin batışını hızlandırmıştır. Son olarak, kurumun mal varlıklarının Tasarruf Mevduatı Sigorta Fonu'na (TMSF) geçmesi ve öğretmenlerin maaş ödemelerinin yapılamaması da batış sürecini etkileyen faktörler arasında yer almaktadır.