Gökova Körfezi'nde bulunan fay hattı, Gökova Transfer Fayı olarak adlandırılmaktadır. Bu fay hattı, 1995 yılında yapılan araştırmalar sonucunda keşfedilmiş olup, yaklaşık 50 kilometre uzunluğundadır. Gökova Transfer Fayı'nın karada da uzantısı olduğu için, sismik faaliyetlerin incelenmesi ve detaylı araştırmaların yapılması gerektiği belirtilmektedir. Ayrıca, Gökova Körfezi'nde yer alan diğer fay hatları arasında Burdur-Fethiye fay hattı ve Muğla-Yatağan fay hattı da bulunmaktadır.