Darülfünun'da üç ana bölüm (fakülte) bulunmaktaydı: 1. Hikmet ve Edebiyat Şubesi. 2. Ulûm-i Tabîiyye ve Riyâziyyât Şubesi (Doğa Bilimleri ve Matematik). 3. Hukuk Şubesi. Ayrıca, Dârülfünûn-ı Şâhâne döneminde Ulûm-i Âliye-i Dîniyye (İlâhiyat) Şubesi de yer almaktaydı.