Buhara Hanlığı'nın askeri teşkilatı, kuruluş aşamasından itibaren Özbek ulusunu oluşturan kabile birliklerine dayanmaktaydı. Ana askeri yapılar şunlardı: - Hassa birlikleri: Çehre (çuhra) ve eşik ağası gibi doğrudan merkeze bağlı birlikler. - Yardımcı birlikler: Kazak, Kırgız, Karakalpak ve Türkmenler gibi hanlık altında bulunan topluluklardan sağlanan kuvvetler. Askeri terimler ve birimler, Altınorda Hanlığı, İlhanlılar ve Timurlulardan miras alınmıştı. XVII. yüzyıldan itibaren, Orta Asya'nın siyasi, iktisadi ve kültürel gerilemesine paralel olarak Buhara Özbek ordusu, modern dünyanın askeri sisteminin gerisinde kaldı ve gelişim gösteremedi.