Batman Fen Lisesinde genellikle şu bölümler bulunmaktadır: 1. Fen Bilimleri Bölümü: Fizik, kimya, biyoloji gibi fen bilimleri derslerini içerir. 2. Matematik Bölümü: Matematiksel düşünceyi geliştirmek için oluşturulmuş bir bölümdür. 3. Bilgisayar Bilimleri Bölümü: Bilgisayar bilimi ve programlama konularında eğitim sağlar. 4. Mühendislik Bölümleri: Elektrik-elektronik mühendisliği, makine mühendisliği gibi alanları kapsar. 5. Tıp Bölümü: Tıp fakültesine hazırlık amacıyla biyoloji, kimya, fizyoloji gibi dersleri içerir. Ayrıca, okulda sosyal bilimler ve dil alanlarında da eğitim verilmektedir.