Balıkesir ili, Sarıköy Fayı ve Havran-Balya-Balıkesir Fayı gibi aktif fay hatları üzerinde yer almaktadır. Sarıköy Fayı, özellikle Sındırgı, Gönen, Yenice ve Balıkesir çevresinde etkilidir. Havran-Balya-Balıkesir Fayı, Edremit Körfezi'nden başlayarak İvrindi ve Balya'ya kadar uzanır. Ayrıca, MTA'nın diri fay haritasına göre, Balıkesir'de Edremit Fay Zonu da bulunmaktadır. Balıkesir'in deprem riski taşıyan ilçeleri arasında Edremit, Burhaniye, Bandırma, Dursunbey, Kepsut, Sındırgı, Savaştepe, Bigadiç, Susurluk, İvrindi, Balya, Gönen ve Manyas yer almaktadır.