İzmir Bakırçay Üniversitesi'nin organizasyon şeması şu birimlerden oluşmaktadır: 1. Fakülteler: Fen-Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Hukuk Fakültesi, Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Tıp Fakültesi. 2. Yüksekokul: Yabancı Diller Yüksekokulu. 3. Meslek Yüksekokulları: Adalet Meslek Yüksekokulu, Menemen Meslek Yüksekokulu. 4. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü. 5. Uygulama ve Araştırma Merkezleri: 10 adet. Ayrıca, üniversitenin Yönetim Organları arasında Müdür, Yönetim Kurulu ve Danışma Kurulu bulunmaktadır.