Ayasofya'da birçok gizem bulunmaktadır. İşte bazıları: Dilek Sütunu: Hz. İsa'nın gözyaşlarıyla eridiğine inanılan bir sütun olup, üzerine baş parmak sokulup 360 derece çevrildiğinde dileklerin kabul olacağına inanılır. Kutsal Emanetler: Hz. İsa'nın çarmıha gerildiği haç ve çiviler, Ayasofya'da gizli bir bölümde saklanmaktadır. Kaybolan Papaz: İstanbul'un fethi sırasında, kutsal kase ile birlikte bir kapıdan kaybolduğuna inanılan papaz efsanesi. Tabutun Sırrı: Ayasofya'daki orta kıble kapısının üzerindeki tabutun yerinden oynatılmasının Ayasofya'nın yıkılmasına yol açacağına inanılır. Deisis Mozaiği: Bu mozaikteki Hz. İsa figürünün aslında Pisagorcu Tarikat Üyesi Apollon'u temsil ettiği söylenir. Bu gizemler, Ayasofya'nın tarih boyunca nesilden nesile aktarılan efsaneleridir.