Atatürk Üniversitesi'nde teorik dersler, uygulamalı çalışmalar, laboratuvar çalışmaları ve saha araştırmaları gibi çeşitli öğretim yöntemleri içeren modern bir eğitim sistemi uygulanmaktadır. Ayrıca, üniversitede çift ana dal ve yan dal programları ile farklı disiplinlerde kendini geliştirme imkanı da sunulmaktadır. Açık ve Uzaktan Öğretim Fakültesi bünyesinde ise açıköğretim ve uzaktan eğitim sistemine göre yürütülen programlar için özel bir öğretim yönetmeliği bulunmaktadır.