Ataerkillik ve patriyarkal sistem arasındaki fark, bu kavramların tanımlarında yatmaktadır: Ataerkillik, soyda babayı temel alan ve toplumda erkeklerin güç sahibi olduğu, kadınların çoğunlukla dışta tutulduğu düzeni ifade eder. Patriyarkal sistem, toplumsal ve kültürel bir sistem olarak, erkeklerin aile, toplum veya kurumlar üzerindeki egemenliğini ve üstünlüğünü ifade eder. Dolayısıyla, ataerkillik, patriyarkal sistemin temelini oluşturan düşünce yapısını ifade ederken; patriyarkal sistem, bu düşünce yapısına dayanan toplumsal düzeni tanımlar.