Ata Koleji'nde uygulanan eğitim sistemi, kolejin bulunduğu kuruma göre değişiklik göstermektedir: Özel Mersin Ata Koleji: Bu kurumda ödevsiz okul modeli, yabancı dil, robotik ve kodlama atölyeleri, akıl ve zeka oyunları gibi çeşitli eğitim birimleri bulunmaktadır. Ata Koleji (İstanbul): Bu okulda İngilizce ağırlıklı eğitim sistemi uygulanmaktadır. Özel Antakya Ata Koleji: Bu kurumda akademik eğitimin yanı sıra İngilizce, Fransızca, müzik, bale, halk oyunları, jimnastik, drama, resim, bilgisayar ve yemek kültürü gibi sanatsal ve kültürel eğitimler verilmektedir.