Eskişehir Anadolu Üniversitesi'nde üç ana kampüs bulunmaktadır: 1. Yunus Emre Kampüsü: Üniversitenin ana kampüsü olup, Eskişehir'in merkezinde yer almaktadır. 2. İki Eylül Kampüsü: Mühendislik, havacılık ve fen bilimleri alanlarında eğitim verilen kampüstür. 3. Bademlik Kampüsü: Sanat ve mimarlık alanlarında eğitim verilen kampüstür. Ayrıca, üniversitenin çeşitli fakülteler ve yüksekokullar barındıran başka küçük kampüsleri de olabilir.