Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Fakülteler: - Eğitim Fakültesi; - Fen Edebiyat Fakültesi; - İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi; - Eczacılık Fakültesi; - Patnos Sultan Alparslan Doğa Bilimleri ve Mühendislik Fakültesi; - İlahiyat Fakültesi; - Tıp Fakültesi. Enstitüler: - Fen Bilimleri Enstitüsü; - Sosyal Bilimler Enstitüsü. Yüksekokullar: - Eleşkirt Celal Oruç Hayvansal Üretim Yüksekokulu; - Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu; - Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu; - Yabancı Diller Yüksekokulu. Meslek Yüksekokulları: - Meslek Yüksekokulu; - Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu; - Doğubayazıt Ahmed-i Hani Meslek Yüksekokulu; - Eleşkirt Meslek Yüksekokulu.