4006-B ve 4006-A çağrılarının farkları şunlardır: 1. Başvuru Yapabilen Kurumlar: 4006-A çağrısına, Programa başvuru yapabilen tüm kurum/kuruluşlar başvurabilirken, 4006-B çağrısına sadece 2014 yılından itibaren 2 veya daha fazla bilim fuarı gerçekleştirmiş kurum/kuruluşlar başvurabilir. 2. Alt Proje Türleri: 4006-B çağrısında sadece "Araştırma" ve "Tasarım" alt proje türleri kabul edilirken, 4006-A çağrısında "İnceleme" türü de bulunmaktadır. 3. Destek Miktarı: 4006-B çağrısının destek miktarı, 4006-A çağrısına göre daha fazladır. 4. Proje Amacı: 4006-B çağrısı, deneyimli okulların proje süreçlerini daha ileriye taşımayı amaçlarken, 4006-A çağrısı yeni başlayacak okulları teşvik etmeyi hedefler.