4+4+4 eğitim sisteminde yaşanan bazı sorunlar şunlardır: Okula başlama yaşının küçük olması. Fiziki yetersizlikler. Personel sorunları. Eğitim materyallerinin eksikliği. Seçmeli derslerin planlanması. Müfredat sorunları. Sosyal ortam değişiklikleri. Bu sorunlar, sistemin uygulanmasında çeşitli zorluklar yaratmış ve eğitim kalitesini etkilemiştir.