İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi'nde 5 farklı fakültede toplam 22 bölüm bulunmaktadır. Fakülteler ve bölümler: Edebiyat Fakültesi: Mütercim ve Tercümanlık (Arapça ve İngilizce), Bilgi ve Belge Yönetimi, Felsefe, İngiliz Dili ve Edebiyatı, Psikoloji, Tarih, Türk Dili ve Edebiyatı. Eğitim Fakültesi: Eğitim Bilimleri (Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık, Eğitim Yönetimi), Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi (İlköğretim Matematik Öğretmenliği), Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi (Türkçe Öğretmenliği), Temel Eğitim (Okul Öncesi Öğretmenliği, Sınıf Öğretmenliği), Özel Eğitim (Özel Eğitim Öğretmenliği), Yabancı Diller Eğitimi (Arapça ve İngilizce Öğretmenliği). Hukuk Fakültesi: Kamu Hukuku, Özel Hukuk. İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi: Ekonomi (İngilizce), Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler (İngilizce), Sosyal Hizmet, Yönetim Bilişim Sistemleri. İlahiyat Fakültesi: Felsefe ve Din Bilimleri, İslam Tarihi ve Sanatları, Temel İslam Bilimleri. Ayrıca, Bilişim Teknolojileri Meslek Yüksekokulu ve Yabancı Diller Yüksekokulu da bulunmaktadır.