1998 ve 1999 yıllarında ÖSS'de iki sınav yapılmasının nedeni, sınavın iki basamaklı bir sistem olarak uygulanmasıdır. Bu sistemde: İlk basamak Öğrenci Seçme Sınavı (ÖSS) Nisan ayında uygulanıyordu. İkinci basamak Öğrenci Yerleştirme Sınavı (ÖYS) ise Haziran ayında yapılıyordu. 1999 yılında yapılan değişiklikle, ÖYS kaldırılmış ve tüm yükseköğretim programlarına öğrenci seçme ve yerleştirme ÖSS ile yapılmaya başlanmıştır.