"Pokémon: Mewtwo'nun İntikamı" filmi, Pokémon evreninde geçen ilk uzun metrajlı filmdir .
Filmin konusu, insan eliyle yaratılan güçlü ve zeki bir Pokémon olan Mewtwo'nun hikâyesini anlatır .
Bilim insanları, nadir ve güçlü bir Pokémon olan Mew'in DNA'sından yapay bir Pokémon olan Mewtwo'yu yaratırlar . Ancak Mewtwo, yaratıldıktan sonra kendisini bir deney olarak görüp insanların ona yaptığı bu muameleyi sorgulamaya başlar ve insanlığa karşı büyük bir öfke besler .
Mewtwo, kendi amacını gerçekleştirmek ve insanlara karşı savaş açmak için diğer güçlü Pokémonları kontrol altına alarak bir ordu kurar . Ash Ketchum, Pikachu ve arkadaşları, Mewtwo'nun planlarını durdurmak ve barışı yeniden sağlamak için mücadele ederler .