Teşkilat dizisinin konusu, Millî İstihbarat Teşkilatı'nda (MİT) çalışan özel bir ekibin hem iş hem de özel hayatlarını konu alır .
İlk iki sezonda, Türkiye'ye karşı harekete geçen bir yapının, Türkiye'nin İHA ve SİHA programını hedef alması üzerine, MİT içinde gizli bir tim kurulur ve bu timin terör örgütü “Şirket”le mücadelesi anlatılır .
Üçüncü sezonda, Şirket'in üst düzey yöneticilerinin öldürülmesinin ardından yaşanan kayıplar ve Zehra'nın, babasının aslında babası olduğunu öğrenmesi işlenir .
Dördüncü sezonda, eski ekibin kaybolması ve Ömer ile Zehra'nın kaybolmasının ardından ekibin dağılması, yeni bir ekibin “Şirket”e karşı savaşmaya başlaması ele alınır .
Beşinci sezonda, teröristlerin artan gücü ve ekip üyelerinin sadakati işlenir .