Team Fortress 2'nin hikayesi, alternatif bir tarihte geçmektedir 2.

Oyunun başında bir baba, 1 oğlunu terk eder ve ölünce bir işe yaramayan bir araziyi miras bırakır 1. Kalan 2 kardeş, bu araziyi almak için bir ordu kurar 1. Bu ordular, oyunun klasik karakterlerini (Heavy, Engineer, Scout, Pyro, Sniper, Medic, Demoman, Spy, Soldier) içerir 1.

Kardeşler, Mann Co. adlı şirketten silah satın alırlar, ancak bu şirket, yarıçıplak gezen Avustralyalı Saxton Hale tarafından yönetilmektedir 12. Bir gün, babasının terk ettiği çocuk, yani Gray Mann, Mann Co. şirketini ele geçirmek için geri döner 1.

RED takımının yöneten adam, Gray Mann'e kardeşini öldürmesi için büyük bir servet teklif eder 1. Gray Mann, kardeşini öldürdükten sonra, BLU komutanından da büyük bir servet alarak her iki kardeşi de öldürür 1.

Kardeşler ölünce ordular dağılmak zorunda kalır 1. Sonrasında, Gray Mann, Saxton Hale'ın ofisine giderek ona meydan okur 1. Saxton Hale, çok güçlü olduğu için meydan okumayı kabul eder 1. Ancak Gray Mann, Saxton Hale'e kendisiyle değil, kızıyla dövüşeceğini söyler 1. Saxton Hale, şerefini korumak niyetiyle pes eder ve Mann Co.'nun başına Gray Mann geçer 1.

6 ay sonra, Miss Pauling adlı bir kadın, Mann Co.'yu geri almak için RED takımını yeniden toplar 1. Gray Mann bu durumdan haberdar olup, karakterlerin şeklinde trilyonlarca robot yapar 1. RED takımı, Mann Co.'yu korumak için bu robotlarla savaşmak zorunda kalır 1.

Robotların amacı, RED takımının merkezine bomba taşımak ve bombayı merkeze atmaktır 1. Eğer başarılı olurlarsa, RED takımı başarısız olacak ve Mann Co.'nun sahibi sonsuza dek Gray Mann olacaktır 1. Eğer robotlar başarılı olup tüm robotların işini bitirirlerse, Saxxy Mann Co.'yu geri alacak ve Saxxy, Mann Co.'yu sonsuza kadar yönetecektir 1.

Hikayenin sonucu, oyuncuların tercihine bağlıdır 1.