İstanbul Arkeoloji Müzesi'nde üç ayrı müzenin bulunmasının nedeni, farklı medeniyetlere ait eserlerin tek bir çatı altında toplanması ve bu eserlerin daha iyi sınıflandırılması ve sergilenmesidir. Bu müzeler şunlardır: 1. Arkeoloji Müzesi: Antik çağlara ait eserlerin sergilendiği bu bölüm, Mezopotamya, Mısır, Yunan ve Roma medeniyetlerine ait eserleri içerir. 2. Eski Şark Eserleri Müzesi: Orta Doğu, Mezopotamya, Pers, Babil ve Asur uygarlıklarına ait eserlerin sergilendiği bölümdür. 3. Çinili Köşk: Selçuklu ve Osmanlı dönemine ait çini ve seramik eserlerinin sergilendiği müzedir.