"Bay Kleks'in Akademisi", kayıp babasının izini süren Ada Niezgódka adlı sıradan bir kızın, Bay Kleks adında eksantrik bir öğretmenin yönettiği sihirli bir okul olan Bay Kleks'in Akademisi'ne davet edilmesini konu alır. Ada, bu gizemli okuldaki yerini kabul ederek bambaşka bir dünyaya adım atar. Ada, Akademi'ye katıldıktan sonra benzersiz yeteneklerini geliştirir ve ailesinin en büyük sırrını çözmesine yardımcı olacak bir ipucu bulur.