Fenerbahçe'nin savunma stratejisi, teknik direktör İsmail Kartal'ın uyguladığı sisteme dayanmaktadır . Bu sistemde:
- Top kendilerindeyken: Fenerbahçe, 2-3-5 dizilimiyle sahada yer alır ve rakip savunmaya baskı kurarak gol fırsatları yaratmayı hedefler .
- Top kaybında: Hemen 4-5-1 şekline bürünerek savunmayı güçlendirir ve daha fazla adamla savunma yapma imkanı tanır . Bu sayede rakip hücumları daha kolay savuşturabilir .
Ayrıca, son maçlarda yaşanan stoper sakatlıkları nedeniyle İsmail Kartal, defans çizgisini daha geride kurarak oyuncuların bireysel hata yapma şansını en aza indirmeye çalışmaktadır .
Fenerbahçe, savunma hattını güçlendirmek için Milan Skriniar'ın transferini de gerçekleştirmiştir .
Fenerbahçe'nin savunma stratejisi, ayrıca üçlü savunma sistemine geçişle de şekillenmiştir . Jose Mourinho'nun üçlü savunma sistemine geçmesiyle birlikte Fenerbahçe, son 13 maçta 33 gol atarken 11 galibiyet ve 2 beraberlik yaşamış, hiç mağlubiyet yaşamamıştır .
Fenerbahçe'nin savunma stratejisi, 29 Mayıs 2025 tarihli bir habere göre, Jose Mourinho yönetiminde çökmüş ve son 10 resmi maçta kalesini gole kapatamayarak savunma zafiyeti göstermiştir .